Im Stiftsmuseum zeugen sakrale Kunst, Domschatz, Bücher aus dem 15. bis 18. Jahrhundert und eine beachtliche Handschriftensammlung von der geistigen und geistlichen Leistung des ältesten Tiroler Stiftes. Im zweiten Standort, dem Franziskanerkloster (P.-P.-Rainerstraße 15) hingegen werden zahlreiche archäologische Funde zu Innichen in den Jahrhunderten des Römischen Reiches und eine volkskundliche Sammlung gezeigt.